Der Zweck MUSEUM APPENZELLER BAHNEN ist ein Museum über die historischen Appenzeller Bahnen. Der Verein sammelt Akten, Dokumentationen, Bildmaterial und Gegenstände, welche geeignet sind, die Geschichte der Appenzeller Bahnen im weiteren Sinne zu dokumentieren. Er erschliesst im Rahmen seiner Ressourcen das ihm zur Verfügung stehende Material. In diesem Sinne ist der MUSEUMSVEREIN APPENZELLER BAHNEN auch wissenschaftlich tätig. Für die Vereinsmitglieder bietet die Aufarbeitung des Sammelgutes und die Erschliessung des Dokumentationsmaterials zudem ein hoch interessantes Betätigungsfeld in Freizeit und Pensionierung. Der Verein macht seine Sammlung und seine Informationen in Ausstellungen und Publikationen für die Öffentlichkeit zugänglich. Im Depot Wasserauen der ehemaligen Säntisbahn betreibt der Verein vom April - Oktober an den Sonntagen das historische Museum.